Narutonak a sorozat során és a Shippuuden sorozatok során egyre jobban gyűlnek az ellenségei, ezért nem is érdemesebb őket felsorolni, mert annál több is lesz belőle. A küldetések során bukkantak fel ezek az ellenségek, persze történtek már olyanok is akik megtámadták Konohát, így akkor Naruto sem nézet rájuk valami barátságosan, olykor ő is bosszút állt mindenért ami Konohában történt. Azonban kiemelném Zabutot és Hakut akik ők voltak az első komoly ellenfelei Narutonak. Viszonylag képes lett volna megbocsátani Zabuzáéknak minden rossz tetteik miatt. A második legnagyobb ellensége pedig az Akatsuki lett, utána pedig természetesen az Akatsukiból Pein, akivel természetesen meg is küzdött.

Narutonak azért gyűlik ilyen sok ellenség, mert benne lakózik a Kyuubi és ezt a démont pedig el akarják tőle rabolni, vagyis maga Narutot ezért akarják megszerezni maguknak, ám ez nem mindig sikerül, csak párszor esik meg a baj szerencse Narutora hogy sikerül elrabolni az ellenségnek vagy csapdába csalni őt. Ugyan Naruto igyekszik nem meggyűlölni az ellenfeleit, hanem minél inkább szeretettben és barátságosan szeretne elválni az ellenségétől. Ez sem sikerül neki mindig.